Podatnik dokonując wewnątrzwspólnotowej dostawy towarów, w niektórych dostawach obciąża odbiorcę kosztami transportu. Koszty te są wyszczególnione na fakturze sprzedaży pod nazwą transport, do której zastosowana jest stawka podatku VAT- 0 %.
Zdaniem podatnika, ponieważ nie świadczy on usługi transportowej, a jedynie wpisuje jej wartość w odrębnej pozycji faktury jako zwrot kosztów dostawy towarów, wartość transportu winna być opodatkowana wg stawki 0 %.

Podstawą opodatkowania w podatku od towarów i usług na podstawie art. 29 ust. 1 ustawy z dnia 11 marca 2004 r. o podatku od towarów i usług (Dz. U. 54, poz. 535) jest obrót. Obrotem jest kwota należna z tytułu sprzedaży, pomniejszona o kwotę należnego podatku. Kwota należna obejmuje całość świadczenia należnego od nabywcy.
W opisanej przez podatnika sytuacji, gdy wartość usługi transportowej (wykonywana przez firmę transportową), zgodnie z zawartą z nabywcą wyrobów umową, jest wliczona w cenę towaru - na wystawianej fakturze VAT nie wyodrębnia się jej jako osobnej pozycji, a do podstawy opodatkowania (czyli ceny netto towaru wraz z usługą) stosuje się stawkę podatku od towarów i usług właściwą dla towaru. Przy wewnątrzwspólnotowej dostawie, o której mowa w art. 42 ust. 1 ustawy o VAT, udokumentowanej w sposób określony w art. 42 ust. 3 i 4 ww. ustawy, będzie miała zastosowanie stawka podatku 0%.
Natomiast w sytuacji, gdy umowa między kontrahentami przewiduje, że usługa transportowa, związana z wewnątrzwspólnotową dostawą towarów nie jest wliczona w cenę towaru - jest dokumentowana odrębną fakturą, miejsce świadczenia usługi, określa się zgodnie z art. 28 ust. 1 i 3 ustawy o podatku od towarów i usług. W przypadku transportu towarów, którego rozpoczęcie i zakończenie ma miejsce odpowiednio na terytorium dwóch różnych państw członkowskich, zwanego dalej "wewnątrzwspónotową usługą transportu towarów", miejscem świadczenia usługi jest miejsce, gdzie transport towarów się rozpoczyna. W przypadku gdy nabywca usługi poda dla tej czynności świadczącemu wewnątrzwspólnotową usługę transportu towarów numer, pod którym jest zidentyfikowany na potrzeby podatku lub podatku od wartości dodanej na terytorium państwa członkowskiego innym niż terytorium państwa członkowskiego rozpoczęcia transportu, miejscem świadczenia usługi jest terytorium państwa członkowskiego, kt wydało nabywcy ten numer.
W przypadku refakturowania kosztów usługi przyjmuje się, iż to przenoszący koszty jest wykonawcą usługi. Tak więc w przypadku gdy nabywca usługi poda Panu jako świadczącemu usługę transportu wewnątrzwspólnotowego numer pod którym jest zidentyfikowany na potrzeby podatku od wartości dodanej, w którymkolwiek z państw członkowskich innym niż Polska, czynność ta jest opodatkowana na terytorium kraju, który nadał mu ten numer. W takim przypadku winien Pan wystawić fakturę bez podatku VAT, zgodnie z ust. 2 § 30 rozporządzenia Ministra Finansów z dnia 27 kwietnia 2004 r. w sprawie zwrotu podatku niektórym podatnikom, zaliczkowego zwrotu podatku, zasad wystawiania faktur, sposobu ich przechowywania oraz listy towarów i usług, do których nie mają zastosowania zwolnienia od podatku od towarów i usług (Dz. U. Nr 97, poz. 971).